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Bei den Pfeifen handelt es sich um die klangerzeugenden Teile einer Orgel. Da jede Pfeife grundsätzlich nur einen bestimmten Ton einer bestimmten Klangfarbe und Lautstärke erzeugen kann, sind in einer Orgel eine Vielzahl unterschiedlicher Pfeifen vorhanden. In der Rudigierorgel sind dies 5890 Pfeifen. Pfeifen verschiedener Größe und Bauart, aber auch verschiedenen Materials ermöglichen verschiedene Tonhöhen, Klangfarben und Lautstärken. Pfeifen werden in Gruppen zu einzelnen Registern zusammengefasst, um den Klang während des Orgelspiels verändern zu können. Unterschieden wird hinsichtlich Klangerzeugung grundsätzlich zwischen Labialpfeifen (Lippenpfeifen – der Ton wird durch brechende Luftströme erzeugt) und Lingualpfeifen (Zungenpfeifen – der Ton wird durch schwingende Metallzungen erzeugt). 

Pfeifen werden fast ausschließlich aus Holz oder Metall gefertigt. Ein Großteil der Pfeifen der Rudigierorgel besteht aus Metallpfeifen, nur 68 Pfeifen der 5890 Pfeifen wurden von der Orgelbaufirma Marcussen & Søn aus Eichenholz erzeugt, was durchaus auch mit den räumlichen Gegebenheiten in Dänemark zusammenhängt, denn die Waldfläche in Dänemark beträgt heute circa 14 Prozent, in Österreich im Vergleich knapp 48 Prozent. 

Für Metallpfeifen werden hauptsächlich Legierungen aus Zinn oder Blei mit unterschiedlichen Masseverhältnissen verwendet („Orgelmetall“), aber auch Kupfer oder Zink kommen zum Einsatz. Bei der Rudigierorgel bestehen 3470 Pfeifen aus 60 Prozent Zinn, 1460 Pfeifen aus 30 Prozent Zinn und 674 Pfeifen aus 75 Prozent Zinn. Weitere 162 Pfeifen der Rudigierorgel wurden aus Kupfer hergestellt. Den kleinsten Anteil bilden die Messingpfeifen, von denen nur 56 in der Rudigierorgel zu finden sind.