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Zum Patrozinium des Linzer Mariendomes am Fest Mariä Empfängnis im Dezember 1968 konnte die Rudigierorgel ihrem Dienst übergeben werden. Das dreitägige Weihefest von 6. bis 8. Dezember 1968 sollte dabei neben seinem unmittelbaren Zweck als Fest der Weihe mehrere Ziele verfolgen und verstand sich daher auch als Dom- und Kathedralfest, als Rudigierfest, als Brucknerfest und als Kirchenmusikfest der Diözese.
Am 6. Dezember 1968, dem Vortag der Weihe, fand um 19.30 Uhr im Alten Dom (Ignatiuskirche) ein Bruckner-Gedächtnis statt, bei dem vokale und instrumentale Werke von Anton Bruckner aufgeführt wurden. Es musizierten Hans Haselböck an der Orgel sowie der Linzer Domchor unter der Leitung von Domkapellmeister Joseph Kronsteiner.
Am 7. Dezember 1968, dem Weihetag der Orgel, fand von 9.00 bis 16.00 Uhr in der Pädagogischen Akademie der Diözese Linz eine Fachtagung der Abteilung für Kirchenmusik und darstellende Kunst der Musikakademie Wien unter der Leitung von Hans Haselböck statt. Als Referenten fungierten Hans Haselböck („Die Orgel – Improvisation im katholischen Gottesdienst“), Hermann Kronsteiner („Stellung des II. Vaticanums zur Orgel“) und Hans Winterberger („Die Orgel-Literatur im katholischen Gottesdienst“).
Um 17.00 Uhr fand im Rahmen einer feierlichen Vesper vom Immaculatafest die Weihe der Rudigierorgel mit ihren 5890 Pfeifen durch Bischof Franz Salesius Zauner statt. Für den erkrankten Domorganisten Ludwig Daxsperger übernahm Hans Haselböck den Orgelpart mit Werken von Johann Sebastian Bach, Dieterich Buxtehude, Johann Nepomuk David und Jean Langlais.
Um 19.30 Uhr musizierte schließlich der blinde französische Organist Gaston Litaize Werke von Johann Sebastian Bach, César Franck, Nicolas de Grigny und Olivier Messiaen – daneben sang auch die Schola der Abteilung Kirchenmusik der Musikakademie Wien unter der Leitung von Hubert Dopf.
Am 8. Dezember 1968 folgte das Volksamt um 8.30 Uhr, bei dem nicht nur das „Deutsche einstimmige Proprium zum Feste Mariae Unbefleckte Empfängnis“ erklang, sondern auch Joseph Kronsteiners „Rudigier-Messe“ von Montafoner Kirchenchören unter der Leitung von Joachim Pfefferkorn sowie dem Dom-Jugendchor unter der Leitung von Johannes Unfried uraufgeführt wurde. An der Orgel war Hermann Kronsteiner zu hören. Zelebriert wurde die Messe von Bruno Wechner, dem ersten Bischof der am selben Tag durch die Bulle „Christi caritas“ von Papst Paul VI. eingerichteten Diözese Feldkirch.
Um 10.00 Uhr feierte Bischof Franz Salesius Zauner das Hochamt, bei dem Anton Bruckners „Messe in e-Moll“ – gewidmet Bischof Franz Joseph Rudigier und uraufgeführt am 29. Dezember 1869 im Rahmen der Einweihung der Votivkapelle im Mariendom Linz – vom Linzer Domchor und Bläsern des Brucknerorchesters unter der Leitung von Domkapellmeister Joseph Kronsteiner musiziert wurde. Außerdem gestaltete den Gottesdienst, bei dem auch das Proprium im gregorianischen Choral erklang, die Schola des Priesterseminares Linz und des Priesterseminares Brixen sowie Anton Heiller an der Orgel statt des erkrankten Domorganisten mit.
Zur Volksmesse um 11.30 Uhr musizierte Anton Heiller François Couperins „Messe pour le paroisses“. Daran anschließend fand die zweite Orgelvesper statt, bei der Heiller Werke von Johann Sebastian Bach und Max Reger zur Aufführung brachte, unterbrochen von Chorälen, die der Stadtpfarrchor Eferding unter der Leitung von Wilhelm Pitroff sang.
Ab 14.30 Uhr stand schließlich die „Große Marienfeier“ mit mehr als 10000 Mitfeiernden auf dem Programm, bei der neben dem Linzer Domchor auch ein sogenannter „Gesamtchor der Diözese“ – bestehend aus zahlreichen Kirchenchören mit insgesamt mehr als 3000 Kirchenchorsängerinnen und Kirchenchorsängern aus der gesamten Diözese Linz – sowie die Einzelchöre (Ansfelden, Kronstorf, Windhaag bei Freistadt, Bischöfliches Gymnasium Petrinum) musizierten. An der Orgel war Hans Haselböck mit Werken von Johann Sebastian Bach und Franz Schmidt zu hören. Aufgeführt wurde als Hauptwerk Anton Bruckners „Te Deum“.
Mit einer dritten Orgelvesper um 17.00 Uhr schloss das Weihefest ab: Hans Haselböck, Anton Heiller und Gaston Litaize improvisierten jeweils rund zwanzig Minuten über marianische Gesänge. Diese dritte Orgelvesper – einer der musikalischen Höhepunkte des Festes – wurde mitgeschnitten und auf einer Schallplatte veröffentlicht.
Nach der Weihe der Rudigierorgel wurde ein Telegramm an Papst Paul VI. mit „ergebenen Grüßen“ versendet.