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Die Orgelbaufirma Marcussen & Søn wurde bereits 1806 von Jürgen Marcussen (1781–1860) in Sønderjylland gegründet. Dieser hatte seine Begeisterung für Orgeln bei sonntäglichen Gottesdiensten entdeckt. Die erste Orgel baute Marcussen in der Werkstatt seines Pflegevaters. Als selbstständiger Orgelbauer ließ er sich in Vester Sottrup nieder. Schon 1811 erhielt er von König Frederik VI. von Dänemark (1768–1839) eine Konzession für den Bau von Orgeln in den Herzogtümern Schleswig und Holstein, die zahlreiche Restaurierungs- und Umbauarbeiten mit sich brachte.
Zwanzig Jahre später wurde Marcussens früherer Lehrling Andreas Reuter (1798–1847) Teilhaber des Betriebs. Als Firma „Marcussen & Reuter“, so lautete der neue Name des Unternehmens, entwickelte man den Orgelbau weiter. Dabei galt Reuter als Theoretiker, Marcussen als Praktiker. Die ausgezeichnete Zusammenarbeit der beiden Firmenchefs war mit einem wirtschaftlichen Aufschwung für den Betrieb verbunden. Mehr Aufträge sowie der Bau von immer größeren Orgeln erforderten mehr Platz, woraufhin die Firmenwerkstätten ins rund 25 Kilometer entfernte Aabenraa verlegt wurden. Der Einsatz von Kastenbalg (Marcussen) und Stimmschlitzen (Reuter) ist auf die beiden zurückzuführen.
Nachdem Reuter starb, wurde Marcussens Sohn Jürgen Andreas (1816–1900) 1848 als Teilhaber aufgenommen. Fortan hieß die Firma „Marcussen & Søn“. Als Inhaber folgten Hartvig Alexander Marcussen (1859–1897) und Johannes Lassen Zachariassen (1864–1922), bevor schließlich 1922 Sybrand Zachariassen (1900–1960) die Firma übernahm. Der junge Orgelbauer griff die theoretischen Überlegungen der deutschen Orgelbewegung auf und setzte diese in die Praxis um.
Heute ist man sich einig: Sybrand Zachariassen gab der Orgel ihren eigentlichen Klang zurück. Neben Zachariassens bemerkenswerter Kompetenz als Orgelbauer verhalf der Firma Marcussen & Søn auch das Jahr 1956 zu erneutem Aufschwung: Das 150-Jahr-Jubiläum des Unternehmens lenkte die Aufmerksamkeit zusätzlich auf die Leistungen des Orgelbaumeisters. Mit seinem Können in architektonischer, technischer und intonationsmäßiger Hinsicht erlangte Zachariassen schließlich international Aufmerksamkeit, sodass er heute als Reformer und Schlüsselfigur in der nordeuropäischen Orgelbaukunst gilt. Unter anderem ist die Hinwendung zur mechanischen Spieltraktur sowie die Rückbesinnung auf einen klaren Werkaufbau auf ihn zurückzuführen.
Nach Sybrand Zachariassens plötzlichem Tod im Jahr 1960 übernahm dessen Sohn Sybrand Jürgen Zachariassen (1931–2012) das Unternehmen, der auch bei der Weihe der Rudigierorgel 1968 vor Ort in Linz war. Seit 2002 fungiert Claudia Zachariassen (*1969) als Leiterin der Firma Marcussen & Søn und bildet damit die siebte Generation des Familienunternehmens.