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Flötenstimmen zählen neben Prinzipalen, Gedackten und Gamben zu den Klangfamilien bei den Labialpfeifen (Lippenpfeifen). Flötenregister unterschiedlichster Bauart gehören neben den Prinzipalen spätestens seit 1500 zum fixen Bestand der Orgelregister.

Flöten sind offene Pfeifen aus Holz großer Mensur und wie die Prinzipale in allen Oktaven disponiert. Die Funktionsweise von Flötenstimmen ist analog zu jener einer Blockflöte, das heißt: Ein Luftband wird durch einen schmalen Spalt gegen eine Kante, das Labium, geblasen. Mit dem Treffen dieser Luftsäule auf das scharfkantige Oberlabium wird schließlich ein Ton erzeugt.

In der Rudigierorgel sind verschiedene Flötenklänge zu hören: Neben Blockflöte, Flachflöte, Gedacktflöte, Hohlflöte, Koppelflöte, Rohrflöte, Sifflöte, Spitzflöte, Traversflöte oder Waldflöte weisen auch alle gedeckten Register wie Gedackt, Holzgedackt flötenähnliche Klänge auf.